一文学会microRNA靶点预测

科研顾问

microRNA是研究的热点之一，microRNA通过与靶 mRNA 3’UTR 的结合,促使 mRNA 降解或阻碍其翻译调控相关基因的表达。在对通microRNA的研究中对其作用靶点基因及其结合位点的预测和验证就非常重要。

目前的microRNA数据库很多，也有很多能够预测microRNA靶点和结合位点的软件。这些软件和数据库通过对microRNA保守区和mRNA序列的相似性搜寻靶点基因和序列。其中比较常用的有TragetScan、mirBase等，一下就以使用频率较高的TragetScan简单介绍microRNA的靶点序列预测。

TargetScan可以预测microRNA的靶基因和结合位点，也可以通过基因查询可能与基因结合的microRNA。

TargetScan网站的网址为：http://www.targetscan.org/vert_72/，进入网站后的界面如下：

其中：位置1输入选择的物种：

如果需要搜索能与基因互作的miRNA，在位置2输入基因名，也可以输入基因的编号（ENSG编号，Ensembl数据库）。如需要搜索能与BDNF基因互作的miRNA，则在位置2输入：BDNF，点击下方的“Submit”键，即可得到搜索结果。结果界面分为2部分，上半部分图示了可能存在互作的miRNA在mRNA上作用靶点的位置；下方以表格形式展现了与基因有互作的miRNA及其结合位置、序列等信息。

如果寻找miRNA的靶基因，需要在位置3中选择miRNA或者在4中直接输入miRNA的名称（格式为：miR-9-5p），点击下方的“Submit”键即可。结果以表格的形式呈现，提供多达信息有基因名、序列编号（ENSG编号，Ensembl数据库）、作用位点等。也可以将表格下载后再仔细分析和筛选。