美国政府停摆给中国生命科学界的警示

千姿百态

美国政府停摆给中国生命科学界的警示：中国需要自主的“国家生物信息学中心“

10月1日，由于美国民主、共和两党尚未解决新财年的政府预算分歧，联邦政府的非核心部门被迫关门了两个多星期。其中医学、药学及生命科学从业者及研究者依赖度甚高的NCBI（美国国立生物技术信息中心）网站在此期间处于基本维持状态，数据暂停更新。

NCBI是由美国参议员Claude Pepper于上世纪80年代后期发起成立。30多年来，NCBI负责收集、存储、注释关于分子生物学、生物化学、遗传学等方面的数据信息，通过开发大量的软件和数据库为国际生命科学的研究提供数据的搜索、浏览、分析和下载服务。这些服务已成为国际生命科学研究重要的生物信息学基础。

美国政府停摆

NCBI暂停更新对中国研究者的影响更甚，由于中国尚未有自主的国家级生物信息学中心（简称：国家中心），中国生命科学研究人员高度依赖NCBI的服务。如果因为**、经费或其他原因，这些生物信息资源对中国研究者真正关闭，必将会对中国生命科学的研究产生极大的影响。“虽然此次NCBI服务有限停摆对中国科学研究总体影响有限，但是确实已经减缓了有些重要项目的进度。”中国医学科学院生物医学大数据研究中心主任、太仓生命信息研究所常务副所长朱伟民教授告诉我们说。“更重要的是，这次停摆给我们敲了一个警钟：我们所依赖的国外资源并不是没有被中断的可能”。中国在没有自主的数据积累，与管理、服务经验的情况下，“断奶“的后果将是无法想象的”。

随着高通量技术的发展，生命科学、生物医药的研究已经全面进入了大数据时代，生物信息学已成为破译大数据必不可少的工具。现今，中国仍然没有自己的生物信息中心，许多生物数据处于“出口转内销”的模式，科研数据不得不提交到国外数据库，需要数据时又不得不从国外数据库下载。然而，由于网络的瓶颈，这些大数据的下载给科研人员带来了诸多烦恼。作为一个数据产生大国，中国仍然被看作为是国际公共生物数据的免费用户，她对国际生物信息资源的共享的贡献没有得到充分的肯定。这导致中国在国际生物信息资源上几无话语权，并造成各种负面影响的情况。要改变这种状况，国家中心的建立已迫在眉睫。

国内科研精英意识到国家中心的重要性与迫切性，为它的建设作出了近十年的努力。最近，强伯勤、赵国屏、陈润生等9位院士向中国科学院院士局建议立项，对成立国家生物信息学中心做一个全面的调研。此调研项目有12个国内优势单位参加，涵盖生命科学、生物医药、计算科学、生物信息等领域。项目调研工作已经全面展开，预计在2013年底或2014年初写出国家生物信息学中心建设的建议书，递交给国家作为决策的依据。

作为积极参与此调研项目的单位之一，太仓生命信息研究所（TILSI）在过去的两年里，开展了国际重要数据资源的“本地化”工作，并建设大数据整合平台，为中国科学家提供了“本地化”的生物医学数据服务，为建设国家中心，积累了宝贵的经验。目前它的大数据整合平台已整合11个数据库，涵盖6种数据类型——基因组、核酸、蛋白质、结构、分子间相互作用以及疾病。由于平台数据库，除Refseq参考序列数据库以外，主要来源于另外一个国际生物数据中心欧洲生物信息研究所（EBI），因此NCBI暂停数据更新对TILSI的平台服务影响较小。为了帮助用户在海量的生物医学大数据找到有用的数据，TILSI还自主开发了国内首个生命科学领域的跨数据级搜索引擎bioso! （www.bioso.org）。作为大数据整合平台的入口，bioso!为用户提供了友好的跨数据库的“一站式”检索与“百科全书”式的展示。百科全书分为五个章节，已对外开放三个章节-基因与基因组、基因型与表现型，相互作用与网络；剩余两个章节处于准备阶段。

bioso!入口：www.bioso.org

“我们的现有工作还仍然局限于对国外公共资源的搜集与整合，这仅仅是我们的前期工作“。朱伟民教授向我们介绍说：“我们下一步的工作重点是在继续丰富公共数据积累，并建设中国特色数据库的同时，推进加入国际重要数据库联盟进程，使得我们“本地”数据库接受数据提交，成为具有真正涵义的中国“自主”数据库。只有这样，才会结束我们对国外数据资源严重依赖的中断诚惶诚恐的状况“。朱伟民教授接着解释：”我这里所说的“我们”是广义的，是指所有为中国生物信息学事业呼吁与奋斗了多年的前辈，各优势单位与科学家“。他最后呼吁：”国家中心的成立是“我们“得以紧密合作、加速进程，完成使命的根更本保障”。