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[分享] 菌种鉴定服务

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发表于 2022-5-20 09:55 | 显示全部楼层 |阅读模式

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细菌16S rDNA菌种鉴定

16S rDAN是编码原核生物核糖体小亚基rRNA(16S rRNA)的基因。 长度约为1500pb,是细菌分类学研究中最常用、最有用的"分子钟16S rRNA其大小在1,500 bp左右,所代表的信息量适中,因此是进行分类研究的理想材料。利用16S rDNA两端的引物PCR扩增未知菌株的16S rRNA基因,并进行DNA测序,与GenBank中的已知序列进行同源性比较后,判定细菌种类,将细菌划分到属或种   

服务要求:

   1. 请提供基因组DNA、经菌种分离后带有单菌落的新鲜平板或斜面。

   2. 基因组DNA的浓度≥10 ng/μl,总体积≥20 μl,且无明显降解;平板或斜面应长有分离的单菌落。

   3. 由于革兰氏阳性细菌或厌氧菌、放线菌等特殊菌株,请在服务委托书中加以说明。

   4. 如果测序结果出现如下套峰,视为样品不纯,本公司将收取全额实验费用。并建议克隆多个测序鉴定。

服务基本流程:

   1. 进行引物设计合成;

   2. PCR扩增16S rDNA;

   3. PCR产物纯化;

   4. 测序,序列比对分析。

服务报告内容:

      实验报告包括PCR产物照片、NCBI序列比对鉴定结果、测序报告、序列碱基图、以及剩余模板(可保存1个月);

16S rDAN是编码原核生物核糖体小亚基rRNA(16S rRNA)的基因。 长度约为1500pb,是细菌分类学研究中最常用、最有用的"分子钟16S rRNA其大小在1,500 bp左右,所代表的信息量适中,因此是进行分类研究的理想材料。利用16S rDNA两端的引物PCR扩增未知菌株的16S rRNA基因,并进行DNA测序,与GenBank中的已知序列进行同源性比较后,判定细菌种类,将细菌划分到属或种

服务价格:

服务项目        说明        价格          周期
细菌16S rDNA菌种鉴定         16S rDNA全序列比对分析         400/样品         2周
细菌16S rDNA菌种鉴定         16S rDNA全序列扩增,克隆测序,比对分析         1000元/样品         2周

*价格不含DNA提取费用,如果样品多或者特殊,时间协商。



真菌18S rDNA/ITS菌种鉴定

传统的真菌分类鉴定主要是按照真菌的形态、生长以及生理生化等特征对真菌进行分类。然而真菌的种类繁多,个体多态性明显,而且其生长、生理生化特征也会随着环境的变化而不稳定。因此,采用传统的方法对真菌进行正确的分类存在较大的困难。随着分子生物学技术的发展,核酸序列分析已被广泛的应用于真菌分类鉴定中,目前常用的技术包括18S rDNA、ITS(Internal Transcribed Spacer,ITS)及18S rDNA-ITS序列分析技术。

18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rRNA(18S rRNA)的DNA序列,序列中既有保守区又有可变区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。由于18S rDNA在进化速率上比较保守,因此在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。内转录间隔区ITS位于核糖体rDNA 18S、5.8S及28S之间,由于不需要加入成熟核糖体,因此在进化过程中能够承受更多的变异,其进化速率为18S rDNA的10倍,属于中度保守的区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。另外,也可通过选择引物同时扩增18 S rDNA和ITS,通过分析18 S rDNA序列,先在较高级别上确定样品的归属,然后根据ITS 序列,将真菌归类到种或亚种水平

服务要求:

   1. 请提供基因组DNA、经菌种分离后带有单菌落的新鲜平板或斜面。

   2. 基因组DNA的浓度≥100 ng/μl,总体积≥20 μl,且无明显降解;平板或斜面应长有分离的单菌落。

   3. 如果测序结果出现如下套峰,视为样品不纯,本公司将收取全额实验费用。并建议克隆多个测序鉴定。

服务基本流程:

   1. 进行引物设计合成;

   2. PCR扩增18S rDNA/ITS;

   3. PCR产物纯化;

   4. 测序,序列比对分析。

服务报告内容:

   实验报告包括PCR产物照片、NCBI序列比对鉴定结果、测序报告、序列碱基图、以及剩余模板(可保存1个月)

服务价格:

服务项目         说明        价格          周期
真菌18S rDNA菌种鉴定         18S rDNA全序列扩增,PCR产物测序,比对分析                  2-3周
真菌18S rDNA菌种鉴定         18S rDNA全序列扩增,克隆测序,比对分析                  2-3周
真菌18S rDNA文库构建及真菌群落多样性分析         18S rDNA文库构建,RFLP等         咨询         30工作日
真菌ITS菌种鉴定         真菌ITS1,ITS4,ITS5全ITS序列扩增,PCR测序鉴定                  2-3周
真菌ITS菌种鉴定         真菌ITS1,ITS4,ITS5全ITS序列扩增,连接T载体测序鉴定                  2-3周

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