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[分享] PCR实验设计到的概念(中)

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发表于 2018-8-21 10:40 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 萝卜涨价了 于 2018-9-25 编辑

Extranuclear genes (核外基因):核外的、定位在细胞器,如线粒体或叶绿体中的基因。
F
Ffactor (F 因子):细菌性或繁殖质粒。
F1 generation (F1 代):两个亲本系(同源)杂交后的第一代。
Facultative heterochromatin (兼并性异染色质):指同时存在活泼型拷贝的惰性序列。如,哺乳动物雌性中的一条X 染色体。
Fast component (快速变性区):复性反应中的快成分是首先复性,含有高重复 DNA 的成分。
Fate map (原基分布图):在胚胎上标示该区域内细胞的后代将会发育而成的成熟组织。
Figure eight (8 字型):由尚未完成的重组生成的两个相互连接的环状 DNA。
Filter hybridization (滤膜杂交):将变性 DNA 样本固定于硝酸纤维膜上,然后用放射性标记的DNA 或 RNA进行杂交。
Fingerprint of DNA (DNA 指纹图谱):指不同基因组间的不同多形态限制性片段模式。 Fingerprint ofprotein (蛋白质指纹谱):酶(如胰蛋白酶)切割蛋白质后产生的片段模式(通常用双向凝胶电泳分离)。
Fluidity (游动性):指膜的性质,脂质在其单层膜上双向移动的能力。
Focus formation (转化灶形成):指转化后的真核细胞以高密度的簇生长。
Focus formation units (转化灶单位):转化灶的数量单位。
Foldback DNA (折回 DNA):指插入重复组成 DNA 通过变性后重新复性产生的结构。 Footprinting(足纹法):一种检测 DNA 位点的技术,通过某些蛋白质结合保护化学键,使被保护位置免受酶切割。
Forward mutations (正向突变):失活野生型基因的突变。
Founder effect (始创效应):指从一个祖先起源、具有相同染色体(或者染色体一个区域)的个体集合。
Frameshift mutations (移码突变):因非 3bp整数倍碱基插入或缺失造成的、改变三联体翻译成蛋白质读框的突变。
G
G banding (G 分带):在中期染色体上产生条纹,从而区分出单倍体各个成员的技术。
G1:真核细胞周期中减数分裂后期到 DNA 复制开始的时期。
G2:真核细胞周期中 DNA 复制结束到下一次减数分裂开始的时期。
Gamete (配子):指任何一种类型的生殖细胞,精子或者卵,具有单倍体染色体物质。
Gap in DNA (DNA 裂隙):在双链中的一条上一个或多个核苷酸缺失。
Gene /ciston (基因/顺反子):指能产生一条多肽链的 DNA片段。包括编码区和其上下游区域(引导区和尾),以及在编码片段间(外显子)的割裂序列(内含子)。 Gene cluster(基因簇):一组相同或者相似的基因。
Gene conversion (基因转换):指异源双链 DNA 中的一条链转换,使其在出现碱基配对处与另一条链互补。
Gene dosage (基因剂量):在一个基因组中某个基因的重复数量。
Gene family (基因家族):一系列外显子相关联的基因,其成员是由一个祖先基因复制或趋异产生。
Genetic code (遗传密码):DNA(或 RNA)三联体与蛋白质中氨基酸的对应关系。
Genetic marker (遗传标记):见标记。
Genomic (chromosomal) DNA clone (基因组或染色体 DNA克隆):由克隆载体携带的基因组序列。
Genotype (基因型):一个生物的遗传组成。
Golgi apparatus (高尔基体):在内质网附近由膜堆积而成结构,在蛋白质糖基化和存储转运中起重要作用。
Gprotein (G 蛋白质):位于质膜上的鸟嘌呤核苷酸结合蛋白质三聚体。当三聚体结合 GDP时,它保持完整并且没有活性。当结合在亚基上的 GDP 被 GTP 代替时,a亚基与bg二聚体脱离。分离得亚基(a或者bg)随后激活或者抑制一个靶蛋白质。
Gratuitous (安慰诱导物):与转录中实际诱导物相似,但不是该诱导酶的底物。
GT-AC rule (GT-AG 规则):指在核基因内含子开始和结束出现的两个固定的脱氧核苷酸。
Gyrase (螺旋酶):大肠杆菌中 II 型拓扑异构酶,能够向 DNA 中引入负超螺旋。
H
Hairpin (发夹):指在单链 RNA 或 DNA 相邻的互补区域形成的双螺旋结构。
Haploid (单倍体):单倍染色体组中仅含有每个常染色体的一个拷贝和一个性染色体。单倍体数 n是二倍体生物配子的特征常数。
Haplotype (单元型):一些染色体特定区域内等位基因的特殊组合,其缩小模型就是基因型。本来是用来描述 MHC等位基因组合的,现在用来描述 RELPs 之间的特殊组合。 Hapten(半抗原):一些小分子物质,与蛋白质结合后能像抗原一样引发免疫应答。
Histone acetyltransferase ,HAT(组蛋白乙酰化酶):向组蛋白添加乙酰基团来修饰它的酶,一些转录辅激活物有HAT 活性。 Histone deacetyltransferase,HDAC(组蛋白去乙酰化酶):从组蛋白质上除去乙酰基团的酶,通常与转录阻遏子相联系。
Helper virus (辅助病毒):提供缺陷型病毒缺乏的功能,使后者能完成侵染循环。 Hemizygote(半合体):失去某个基因拷贝(如由于一条染色体的丢失),从而只有一个拷贝的单倍体个体。
Heterochromatin(异染色质):永久处于高聚集状态的基因组区域,它不转录而且复制较晚。可能是组成型的或者兼性的。
Heteroduplex (hybrid) DNA (异源双链 DNA):由不同亲本双链分子中的互补单链产生碱基配对的双链DNA,在遗传重组中产生。 Heterogametic sex (异配性别):具有 2A+XY 的双倍染色体组成。
Heterogeneous nuclear (hn) RNA (不均一核 RNA):由 RNA 聚合酶 II产生的核基因转录无。它有宽广的范围和低的稳定性。 Heterokaryon(异核体):在一个共同的细胞质中包含两个核的细胞,由体细胞融合产生。
Heteromultimeric proteins (异源多聚体蛋白质):有不同的亚基(不同基因编码)组成的蛋白质。
Heterozygote (杂合体):在某个位点上有不同等位基因的个体。
Highly repetitive DNA (高度重复 DNA):即卫星 DNA,是复性中的第一成分。
Histones (组蛋白):真核生物中保守的 DNA 结合蛋白质,是染色质的基本亚单位。 Homeobox(同源框):黑腹果蝇同源基因编区域的一部分保守序列。在两栖和哺乳动物早期胚胎发育中也已发现。
Homeotic genes (同源异形基因):由将身体的一部分转化成另一部分的突变所定义,例如,昆虫的腿可以代替触角。
Homogametic sex (同配性别):单倍染色体组成为 2A+XY。
Homologs (同源染色体):携带同样的遗传位点的染色体,二倍体细胞含有每个同源染色体的两个拷贝,分别来自父母本。
Homomultimeric protein (同源多聚体蛋白质):由相同亚基组成的蛋白质。
Homozygote (纯合体):同源染色体相应位点有相同等位基因的个体。
Hotspot (热点):突变或者重组频率显著增加的位点。
Housekeeping (constitutive) genes(持家或组成型基因):是那些(理论上)在所有细胞中都表达的基因,因为其功能对任何细胞型都是必要的。
HOX genes (HOX 基因):包括同源框的哺乳动物基因簇,单独成员与黑腹果蝇中 ANT-C 和-BX-C座位相近。
Hybrid-arrested translation (杂交捕获翻译):确定与 mRNA 相应的 cDNA 的一种技术,它依赖其与RNA 配对的能力阻止翻译。 Hybrid DNA (杂交 DNA):见异源双链 DNA。
Hybrid dysgenesis (杂种败育):指黑腹果蝇某些株系杂交后代不育(尽管它们在表型上是正常的)的现象。
Hybridization (杂交):使互补 DNA、RNA 配对形成杂合 RNA 或 DNA。
Hybridoma (杂交瘤):通过骨髓瘤细胞与淋巴细胞融合产生的细胞株,它们能无限制的产生两种亲本的免疫球蛋白。
Hydrolytic reaction (水解反应):伴随着水分子解离而使共价键打开的反应。
Hydropathy plot (亲水性分析):蛋白质某区域疏水度的检测,也是其位于膜表面的可能程度的检测。
Hydrophilic groups (亲水基团):与水结合从而蛋白质的亲水区域或脂质双分子层处于水环境中。
Hydrophobic groups (疏水基团):排斥水分子,因此互相作用产生非水性环境。
Hyperchromicity (增色效应):当 DNA 变性时吸光度增加的现象。
Hypervariable region (高度可变区):当不同抗体比较时表现出最大变化的区域。
Ideogram (理数图):代表染色体 G 带图表。
Idling reaction (空转反应):当空载 tRNA 进入 A 位点时,核糖体产生 pppGpp 和ppGpp,诱发应急型反应。
Immortalization (永生或无限增值化):指真核细胞系获得在培养基中进行无数次分裂的能力。
Immunity in phages(噬菌体免疫):由于原噬菌体基因组合成的噬菌体抑制物,而阻止同一类型噬菌体侵染细胞的能力。
Immunity in plasmids (质粒免疫):一个质粒阻止其它同类型质粒在细胞中存活的能力。主要是阻碍复制能力。
Immunity in transposons (转座子免疫):指某些转座子阻止其它同类型转座子向相同DNA分子中转移的能力。有多种机制。
Imprinting (印记):指一个基因通过精子或者卵子发生的改变,使在早期胚胎中父本和母本等位基因有不同的性质。可能是由于 DNA甲基化产生的。
In situ hybridization (原位杂交):变性压在显微镜切片中的细胞 DNA,当加入放射性标记的单链 RNA时可以进行反应,杂交接过可通过自动放射性自显影检测。
In vitro complementation assay(体外互补分析):确定野生型细胞成分的方法,可以赋予从突变细胞获得的提取物活性。可用于分析确定由突变造成失活的细胞成分。Incompatibility (不相容性):某些细菌质粒不能共存在一个细胞中的能力,由质粒免疫造成。 Indirectend-labeling (间接末端标记):检查 DNA组织的一种技术,是通过在特殊位点上加入一个切口,分离出含有与切口一端相邻序列的所有片段,可揭示从切口到 DNA上另一断点的距离。
Induced mutation (诱发突变):加入诱变剂造成的突变。
Inducer (诱导物):通过与调控蛋白结合激活基因转录的小分子。
Induction(诱导):指细菌或者酵母只有当底物存在时才会合成某种酶的能力。当用在基因表达中,指诱导物与调控蛋白结合造成的转录转换。
Induction of prophage(原噬菌体诱导):由于溶源阻碍物的破坏,噬菌体从宿主基因组切除进入溶源(非感染的)循环。
Initiation factors (起始因子,原核中 IF,真核中eIF):在蛋白质合成起始阶段特异性作用于核糖体小亚基的蛋白质。
Insertion sequence (插入序列,IS):仅携带其转座所需基因的小型细菌转座子。
Insertions (插入):DNA 中碱基对的增加。
Integral membrane protein (嵌膜蛋白质):通过非共价键插入膜中的蛋白质,它通过 25个不带电的或者疏水性氨基酸与膜保持联系。
Integration (整合):病毒或者其它 DNA 序列插入到宿主基因组中,并且与宿主 DNA 序列两端共价结合。
Interallelic complementation(等位基因间互补):指异源多具体蛋白质由两个不同突变等位基因编码的亚单位间作用引起的性质变。混合型蛋白质可能比一种类型亚单位构成的蛋白质活性强或者弱。
Interbands (间带):多线染色体中位于带之间相对较分散的区域。
Intercistronic region (顺反子间区):一个基因终止密码和另一个基因起始密码间的距离。
Intermediate component (中间组分):复性反应中处于快成分(卫星DNA)和慢成分(非重复DNA)之间的组分,由中度重复 DNA 组成。
Interphase (间期):减数细胞分裂间的时期,分为 G1、S 和 G2 期。
Intervening sequence (间插序列):即内含子。
Intron (内含子):一段 DNA 片段,它转录但通过将其两端的序列(外显子)剪接在一起而被移出转录本。
Inversion (倒位):是染色体的一种改变,一个片段相对两端区域旋转了 180°,然后又重新插入。
Inverted repeats (反向重复):同一个序列的两个拷贝在一个分子中以相反的方向重复,相邻重复组成回文序列。
Inverted terminal repeats(末端反向重复):在一些转座子末端以相反方向出现的、小的相关或同样序列。
IS:是插入序列的缩写,只携带其转座必须遗传功能的小型细菌转座子。
Isoaccepting tRNAs (同工 tRNA):携带相同的氨基酸的 tRNA。
Isotype (同型):一组密切相关的免疫球蛋白链。
K
Karyotye (核型):一个细胞或种属中整个染色体物质。
Kilobase, kb (千碱基):1000 个 DNA 碱基对或 1000 个 RNA 碱基的缩写。
Kinase (激酶):磷酸化(加上一个磷酸基团)底物的酶,蛋白质激酶的底物是其它蛋白质的氨基酸,分为酪氨酸特异性及丝氨酸/苏氨酸特异性激酶两类。
Kinetic complexity (动力学复杂度):DNA 复性动力学检测的 DNA 成分的复杂度。
Kinetochore (动粒纤维):染色体的结构特点,减数分裂纺锤体的微管通过它与染色体相连。
L
Lagging strand of DNA (DNA 后随链):总体上沿着 3¢到5¢方向延伸,但以小片段形式(5¢-3¢)不连续合成,最后共价连接起来。
Lampbrush chromosomes (灯刷染色体):在两栖卵母细胞内发现的减数分裂大染色体。
Lariat (套索):RNA 剪接过程中的中间结构,其中有由 5¢-2¢键形成的带尾巴的环形结构。
Late period of phage development (噬菌体发育晚期):噬菌体 DNA 复制后的部分感染期。
Late-replication materials (延迟复制物):在 S 期前不复制,通常由异染色体组成。
Leader (前导区):在 mRNA 5¢端起始密码子之前的非翻译区。
Leader sequence of a protein (蛋白质前导序列):短的 N 端序列,负责进出膜。
Leading strand (前导链):以 5¢-3¢方向连续合成的 DNA 链。
Leaky mutations (渗漏突变):允许残留水平的基因表达。
Left splicing junction (左剪接点):一个外显子右末端和内含子左末端的分界点。
Lethal locus (致死座位):可以获得致死突变(通常是该基因被删除)的任何基因。
Library (文库):代表整个基因组的一系列克隆片段集合。
Ligation (连接反应):在双螺旋 DNA 单链上,连接缺口处两个相邻碱基形成磷酸二脂键(也可用于连接 RNA平末端连接)。
LINES: 哺乳动物基因组中长散布序列,由 RNA 聚合酶 II 转录本反转座产生。
Linkage (连锁):指由于位于同一染色体上的基因具有一起遗传的倾向,用位点间的重组率来表征。
Linkage disequilibrium(连锁不平衡):指某些遗传标记的重组发生在物种中的频率高于或低于从其距离位点推测的值。表明一组记是协同遗传的,可能是由于某个区域的退化重组或始创效应,当一个标记引入时无足够时间达到平衡。
Linkage group (连锁群):包括通过连锁关系联系起来的(直接或者间接的)所有位点,等同于染色体。
Linker DNA (连接 DNA):核小体中除 146bp 核心 DNA 外的所有 DNA。
Linker fragment (连接片段):指包含几个限制性酶靶位点的合成双链寡核苷酸。在重组 DNA的重建中可加在准备用其它酶切割的 DNA 片段末端。
Linker scanner mutations (接头分区突变):体外在限制性片段加上位点,使两个 DNA分子发生重组产生,结果在重组的位点加上连接序列。
Linking number (连环数):闭合 DNA 双螺旋一条链绕过另一条链的次数。
Linking number paradox (连接数矛盾):指核小体 DNA 中-2 超螺旋的存在和当组蛋白质移开时测量的-1超螺旋间不一致。
Lipids (脂质):具有极性头,包括磷酸盐(磷脂)、固醇(如胆固醇)或糖类(糖脂)与由脂肪酸组成的疏水性尾结合。
Lipid bilayer (脂质双分子层):脂质聚集形成的形式,疏水性的脂肪酸在外边而极性头朝向中间。
Liquid (solution) hybridization (液相杂交):在溶液中进行互补核酸链的反应。
Locus (基因座):染色体上某个具有特殊作用的基因所处的位置。它可能被等位基因中一个所占据。
LOD score (LOD 分数):遗传连锁的一种计算,定义为连锁基因的可能性数据与非连锁基因的可能性数据之比率的Log10。通常认定基因连锁时 LOD 值应为 3.0,即 1000:1 的比率(必须同任何两各位点不连锁的可能性 50:1相比较)。
Long-period interspersion (长周期散布):一种基因组类型,其上一长段重复序列与非重复DNA交替出现。
Loop (环):RNA(或者单链 DNA)发夹结构末端的单链区域,与双链 DNA 中反向重复之间的区域一致。
LTR:是长末端重复的缩写,在逆转录病毒 DNA 两端的正向重复序列。
Lumen (腔):由膜围绕的器官,通常指内质网或者线粒体的内部。
Luxury genes (奢侈基因):在特别细胞类型中大量(通常)表达并编码特殊功能产物的基因。
Lysogen(溶原):指在噬菌体感染后期,当它们冲破细胞来释放感染噬菌体子代时细胞死亡。也可用于真核细胞,例如,感染细胞被免疫系统攻击时。
Lysogenic immunity(溶原免疫):前噬菌体阻止另一相同噬菌基因组在细胞中存活的能力。
Lysogenic repressor (溶原阻遏蛋白):阻止原噬菌体再次进入溶原循环的蛋白质。
Lysogeny (溶原性):指噬菌体能够以稳定的细菌基因组原噬菌体形式在细菌中存活的能力。
Lysosomes (溶酶体):由膜包围的小体,在真核细胞中包括水解酶。
Lytic infection (裂解性感染):细菌感染后,将以细胞破坏和子代噬菌体的释放结束。
M
Main band of genomic DNA (基因组 DNA 主带):密度离心中由一个宽峰度组成,不包括可见的卫星 DNA组成的分离条带。
Major histocompatibility(主要组织相容性):包含一个巨大基因簇的大染色体区域,这些基因编码移植抗体和其它在淋巴细胞表面发现的蛋白质。
Map distance (图距):用 cM(厘米摩尔根)=重组百分率(有时有调整)来测量。
MAR (基质附着位点,有时也称为 SAR 即支架附着位点):附着到核基质的 DNA 区域。
Marker (DNA 标记):已知大小的 DNA 片段,用来计算琼脂糖凝胶电泳条带。
Marker (genetic ) (遗传标记):在试验中任何感兴趣的等位基因。
Maternal inheritance (母性遗传):指只有一个亲本提供的遗传标记在子代更容易存活。
Mb(兆碱基):106 bp DNA 的缩写。
Meiosis (减数分裂):由两次连续的分裂(减数分裂 I 期,减数分裂 II 期),使最初的 4n 染色体减少为 4 个 1n染色体的产物细胞。产物可能是成熟或生殖细胞(精子或者卵)。
Melting of DNA (DNA 溶解):即变性。
Melting temperature (解链温度 Tm ):DNA 变性过程中温度范围的中值。
Membranes (膜):由不对称的磷脂双分子层组成,具有侧向流动性并有蛋白质。 Membrane proteins(膜蛋白):有疏水性区域使蛋白质部分或全部结构能够位于膜上,通产非共价连接。
Metastasis (转移):指肿瘤细胞从它开始所在的位点向身体其它部位迁移并产生新群落。 Micrococcal nuclease(微球菌核酸酶):切割 DNA 的内切核酸酶,在染色质核小体之间的DNA 更容易被切开。
Microsomes (微粒体):与核糖体结合的碎片状内质网。
Microtubules(微管):由微管蛋白质二聚体组成的纤维。中期的微管被重新组织成有丝分裂中的纺锤体纤维,负责染色体的移动。
Microtubule associated proteins(微管相关蛋白,MAPs):与微管相关的蛋白质,影响微管稳定性和组织形式。
Microtubule organizing center [微管组织中心,MTOC):延伸出微管的结构,有丝分裂细胞中最主要的MTOC 是中心粒。
Minicell (微小细胞):大肠杆菌中一种无核细胞,通过无核分裂的细胞质分裂而形成。
Minichromosome (SV40 或多瘤病毒微型染色体):多瘤病毒环形 DNA 的核小体形式。
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