田埂：我与NGS这十年，前五年拼命学技术，后五年推广应用

千姿百态

一晃，下一代测序技术（NGS）已经走过了十年的发展历史。作为一个以“测序为生”的科技工作者，这十年，是NGS发展的十年，也是我自己成长和进步的十年。我把自己的十年总结为“前五年拼命学技术，后五年推广应用”。

2005年作为NGS的元年，那一年我考上了中科院的博士研究生，那一年我看到了George Church的Polonator测序技术。2006年，我进入了中科院北京基因组研究所应用医学组，师从人类遗传学家张秀清老师和杨焕明老师。以肿瘤的基因组拷贝数变化为博士课题，那时我研究了各家的芯片技术，也就在那时了解了Illumina的BeadArray芯片技术，以及一种称为“数字核型分析”的技术（一种利用短序列测序技术来进行核型分析的技术）。我联系了文章作者，但是认为当时的基于Sanger测序的数字核型分析太过复杂和低效，如果能只测序那些tag该多好。那一年，Solexa公司在AGBT会议上宣布完成一个测序反应产出1G碱基的惊人数字。那一年，我第一次见到基因组研究的“祖师爷”，DNA双螺旋的发现者：詹姆斯·沃森（James Watson）。

2007年，华大基因引进中国第一台，同时也是亚洲第一台装机的Solexa测序仪，也就是后来的Genome Analyzer（GA测序仪）。记得当时我们拿到的机器编号是19，表明这是全世界第19台Solexa测序仪。那一年，Solexa公司被Illumina公司收购。

上面是中国第一台Solexa测序仪装机时的照片，于2007年3月15日拍摄于北京华大基因研究中心 。照片里唯一没有穿实验服的是Solexa的装机工程师Primo Baybayan。

2007年5月，我到访Illumina公司美国加州Hayward实验室，参加实验技术培训。那是我们见到了测序仪的组装流水线，了解了Solexa样本制备的过程。值得一提的是，拍摄这张照片时，我拿着相机到隔壁房间，请一位看起来像是中国人的正在组装测序仪的工程师帮忙，问了之后才知道他是一个越南裔美国人叫Vinh Tran。

那次培训我第二次见到Primo，照片拍摄于Illumina加州Hayward基地门口。

培训的最后一天，跟Primo一起吃饭，这一餐是后来贝瑞和康的创始人周代星请客。那时候代星是Illumina亚太负责人，那一次代星跟我讲以后想用一个项目创业，就是通过游离DNA测序进行唐氏综合症筛查，那时我的导师张秀清教授已经开始了这个技术的研发，现在这个技术叫NIPT。

上面照片是2007年7月底拍摄于深圳华大基因北山工业区。经过数天的调试，深圳华大基因的5台测序仪投入使用，帮助调试机器的，就是两个月前在Hayward帮我们拍照的越南人Vinh。那时候所有深圳华大的同事都在没日没夜的工作，那时还没有固定的住处，每天跟“鞋厂”的产业工人吃住一起。那时候“第一个亚洲人基因组”测序部分正在如火如荼的进行中，这就是后来的“炎黄一号”第一个亚洲人全基因组测序。

2007年9月在Illumina英国剑桥的Little Chesterford培训双末端测序技术，一同培训的还有来自GIS的Chia-Lin Wei教授。那一次我们见到了当时Illumina测序仪的官方比对软件ELAND的作者Tony Cox。

2008年6月11日，Vinh再一次在北山工业区华大测序实验室帮助升级GA II。那时我已经从一个博士生，成长为深圳华大基因研究院R&D的副主管，除了专心技术外，同时负责“大熊猫基因组”、“千人基因组”、“肿瘤基因组”等一系列大型基因组研究项目。

这是深圳华大的第三个测序实验室，在那里罗氏454测序仪，Life的SOLiD和Illumina的GA这三种风靡一时的NGS代表型测序仪同场竞技，这恐怕是全世界都少有的场面。

在我的提议下我们拍摄了这张后来在“华大基因IPO炼成记”里使用的“经典”照片。

2008年5月，参加美国纽约冷泉港的“The Biology of Genome”会议时，我第二次见到“祖师爷”，那天基因组学界的同仁为他80大寿庆生！

2008年10月，深圳华大基因宣布“大熊猫基因组”测序工作完成。

2008年11月拍摄于北山工业区测序实验室外，与在英国接待我的illumina公司英国负责人Kevin Hall合影。

2010年5月，参加美国纽约冷泉港的“The Biology of Genome”会议，“炎黄一号外周血甲基化”研究的Poster。

2010年5月，再次见到Primo是在美国加州Menlo Park的Pacific Bioscience公司参观第三代单分子测序仪时。Primo说他就喜欢新技术，所以离开Illumina加入了Pacbio。那一年Pacbio宣布开始出售第三代测序仪。那一年8月份，我离开深圳回到北京，开始了华大基因北方区负责人的工作。

2011年5月，在“祖师爷”办公室，第三次与“祖师爷”合影！

2011年9月1日，经过4个月的努力，天津华大开业，作为法人和总经理，我主持了开业仪式。

2011年12月23日，天津市启动“新生儿听力及基因联合筛查项目”，目前已经实现全市新生儿覆盖。 2012年1月5日，天津市启动了“无创产前基因检测”项目，将NGS测序技术应用于天津市所有孕妇。2012年，我们与天坛医院合作第一次将全基因测序技术，应用于一个脑神经胶质瘤的患者的诊断和治疗中，取得良好效果。

2012年8月，我离开学习工作9年的华大基因，加入清华大学医学院。2013年9月，我们用了一年时间，把清华大学的基因组测序平台运行起来，并与清华大学生命学院朱听、环境学院蒋靖坤老师合作，完成了雾霾可吸入微生物宏基因组研究课题。

2014年11月，清华大学基因组测序平台已经初具规模。

2015年2月，美国总统奥巴马宣布“精准医疗计划”，作为一名基因组学科技工作者我兴奋不已。

2015年5月，我从清华大学医学院离职，全职创业，成立“元码基因”，专注“精准医疗”技术和理念在中国的普及和发展……

来源：测序中国