U盘大小的DNA测序仪证实可用于检测病原体

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由华大基因和生物医学中心（BioMed Central）联合创办的大数据期刊《GigaScience》3月26日报道了掌上手持型DNA测序仪的最新成果，这种测序仪可以在短短6个小时时间里区分细菌和病毒的种类。

  去年，由英国Oxford Nanopore公司开发的，仅4英寸长、普通U盘大小MinION测序仪投入了市场，这种测序仪的出现对于整个基因测序行业来说意义重大，MinION测序仪仅售900美元，同那些笨重、价格高得令人咂舌的基因测序仪相比，它具有的革命性意义太多了。

  比如说它是首个可以进行独立评估的纳米孔测序设备，这种USB供电的测序仪有上千个凹槽，每个凹槽中又有许多个纳米孔，用于单个DNA链通过。当有DNA进入通道的时候，每个碱基会发出独特的信号用于系统检测记录。

  然而MinION的试用却引发了一些争论，来自日本的学者利用MinION对λ噬菌体的基因组以及蛇毒腺转录组的扩增子进行了重测序，但是却提出尽管MinION测序仪能够在一次运行中产生超过150 MB的原始数据，但最多四分之一的reads能定位到参考序列。大部分序列都包含插入/缺失的错误，或完全没有相似性。他们认为，利用MinION来开展大的测序项目是不可行的。如果不增加准确性，MinION的实际应用似乎很有限。不过其他人却认为这一评测并不成熟，关于其准确性的看法也不精确。

  近期来自马里兰Edgewood 化学生物学中心等处的研究人员又对这一设备的应用进行了验证，他们分析了大肠杆菌和三种牛痘病毒的DNA样品。通过测序前的第一次DNA扩增，研究人员克服了MinION的30%出错率，准确完成大肠杆菌（非特殊菌种）的识别。并且研究人员也发现纳米孔测序数据也能用于识别不同的牛痘病毒，比如带有MVA突变的菌种等，而这些菌种相互之间高达98%以上的相似度。

  “我们的研究结果非常重要，因为这是第一次证实这一技术在当前状态下的实用性，”文章作者，Edgewood 化学生物学中心的Andrew Kilianski 表示。

  不过目前样品测序过程中还需要进行扩增DNA用于检测，这一点并不方便，而且这一技术也没有用于更加复杂的样品分析，比如宿主DNA。


来源：生物通