黑马10X Genomics：新产品优势明显，引来法律纠纷

莺歌燕舞

2015年基因组生物技术大会上，10X Genomics公司正式发布了GemCode平台，并公布了相关技术信息。

GemCode体积与台式PCR仪大小相似。该仪器及配套试剂的售价是7万5千美金，预计第一批仪器将在第二季度正式发售。每个样本的反应试剂费用将达到500美元。GemCode可以能较好的处理基因组中短序列片段进行文库制备，从而获得长达100Kb的基因序列，可以直接用于Illumina的测序仪进行下一步测序。该公司宣称是Illumina技术的重要补充，可以扩大NGS的应用，进而利于Illumina的测序市场。

该公司将推出16样装的凝胶磁珠及文库反应液试剂盒、48样装的芯片及配套反应液试剂盒。单个芯片一次可处理8个DNA样本，在5分钟内即可完成DNA片段化和试剂准备；DNA片段添加barcode，扩增得到标准的测序文库，用于接下来的测序。该公司创造了一种新的基因数据类型“linked reads”，指的是带有barcode的一个个像串珠一样相互连接的reads。测序完成后，带有相同barcode的序列可以通过算法构建更长的DNA片段。

应用广泛

这项技术的应用之一就是用于人类全基因组和外显子组的分析。10X Genomics采用了大量的标准参考样本作为模拟数据，如HapMap样本NA12878，做了相应的模拟分析。Hindson报告说：在基因组研究中，N50达到以Mb计，SNPs分析和基因分析需求也很多。

该技术也可应用于人类基因组复杂HLA区域分析，公司得到的分析结果与NA12878已知的分期结果完全一致。研究者们通过这项技术在NA12878中也找到许多结构变异，包括5个大范围的缺失突变，并且发现之前用短读长测序数据分析得到的3个大范围的缺失突变可能是假阳性。在癌症基因组中，该技术可用于查找融合基因。例如，可用于在一个肺癌细胞系中找出EML4/ALK融合，并且可以发现部分ALK基因整合了到另外的染色体上。

10X Genomics总裁、创始人之一，首席安全官Ben Hindson将他们的技术称之为“高效生成barcode标记的DNA片段”的方法。Hindson表示，整个过程是一个循环反应，“避免了像其他扩增过程带来的人为因素干扰”。

数据分析方面，10X Genomics将标准比对、变异查找、结构变异查找、可视化工具如单体型分析基因组浏览器等结合在一起。Hindson表示软件环境是开放的，并鼓励大家开发应用。

早期使用者报告

一些早期使用者在AGBT大会上展示了利用GemCode得到的早期结果

来自斯坦福大学医学院的Hanlee Ji介绍了大肠腺癌样本基因组的测序和分类研究。他得到大于11Mb的单体型，N50达到1.2M，并且发现“一些用传统短序列测序手段可能会遗漏的、具有重要临床意义的体细胞遗传变异”。

美国哈佛-麻省理工博德研究所的David Jaffe在会上介绍了10X Genomics公司的技术，使用拆分组装的DISCOVAR算法完成癌症基因组的从头组装。单条长度大于100kb的序列能帮助他们根据组装图谱来跟踪路径，从而发现用其他方法检测不到的体细胞突变。

同样的，来自于哈佛丹娜法伯癌症研究院的Levi Garraway在AGBT的报告中提到使用10X Genomics技术协助他完成癌症基因组复杂重组。

知识产权纠纷将至

正当10X Genomics公司完成5550万美元的B轮融资，紧锣密鼓地准备将GemCode投入商业化应用时，RainDance Technologies和Bio-Rad Laboratories两家公司分别以侵犯知识产权为由对10X Genomics提起诉讼。

上月，RainDanc公司向美国特拉华州地方法院提起诉讼，指控10X Genomic侵犯该公司6项专利，称这6项专利此前是芝加哥大学独家授权给RainDance的。

去年9月22日，Bio-Rad公司向美国加利福利亚州康特拉科斯塔县高级法院提交诉讼，Bio-Rad称10X Genomics公司在专利申请书中描述的专利归Bio-Rad公司所有，并指控10X Genomics高层盗取Bio-Rad商业秘密。

Bio-Rad公司指出，10X Genomics违反了他们的就业条款和非竞争协议，这部分内容是Bio-Rad公司在收购QuantaLife时达成的协议，而10X Genomics的三位共同创始人--担任CEO的Serge Saxonov，担任CSO和总裁的Ben Hindson，担任CTO的Kevin Ness，之前都是QuantaLife的员工。Bio-Rad公司在起诉书中指控，某些10X Genomics技术至少是基于部分Bio-Rad机密信息开发的，10X Genomics涉嫌泄露专利信息和盗用商业机密。

面对上述指控，10X Genomics首席执行官Saxonov表示“我们坚信该公司的指控没有任何价值”。

来源：测序中国