关于诊断试剂盒常遇到的概率问题

huangchj03

kinghaobin 发表于 2015-1-28 14:03
个人认为在灵敏度检测限的浓度5copies/ul的样本有50%几率可检出，50%检不出。按照二项式分布，20次实验，其 ...

我根据波松分布基本上单次取样检出的概率也在50%左右，略大一点，但是在计算20次平行时，你计算的结果反倒比我更大一点，你能不能将详细运算过程写一下。

huangchj03

kinghaobin 发表于 2015-1-28 14:03
个人认为在灵敏度检测限的浓度5copies/ul的样本有50%几率可检出，50%检不出。按照二项式分布，20次实验，其 ...

是我看错了，你的运算结果比我的还要小。

kinghaobin

huangchj03 发表于 2015-1-28 15:49
我根据波松分布基本上单次取样检出的概率也在50%左右，略大一点，但是在计算20次平行时，你计算的结果反 ...

我用minitab软件计算的，minitab>计算>概率分布>二项分布：概率，实验次数20，概率0.5。如果试验次数足够多，可认为符合正态分布。

会飞的鱼

申报试剂应在最低检出限或接近最低检出限的病毒浓度对不同基因型（至少包括B、C、D型）进行验证，总测试数不少于60次。  这是乙肝指导原则里面的数据，病毒浓度就算10IU（6copy）吧。

你可以用你的模型算一下，60次检测样本都是阳性，或者再极端一点，180次检测都是阳性（罗氏），你看看你计算出的最低检测限是多少？零点几或者零点零几个copy？估计你算出来更加想不通。这样只能说明你的模型出错了。

会飞的鱼

还有，你的数据是copy/反应，但是现在乙肝的检测要求已经到了30IU/ml,大概1IU=5.6copy吧，前面我弄反了。这也就是150copy/ml，而你的分析里面是2000copy/ml，如果按照10IU,也就是50个copy/ml，是你的浓度的40分之一，你觉得按你的算法还能算的出来？

我数据都给你了，这些凡是现在注册的乙肝试剂都是能够做得到的。如果你算出来是不可能的，那是现实错了还是你的算法错了？

huangchj03

会飞的鱼 发表于 2015-2-5 13:34
还有，你的数据是copy/反应，但是现在乙肝的检测要求已经到了30IU/ml,大概1IU=5.6copy吧，前面我弄反了。这 ...

我说大哥，你真的爱钻牛角尖呀，我已经说了，不考虑样本提取过程中的浓缩，罗氏检测HBV的检测限为15IU/ml。这个很好解释，他在核酸提取过程中采用的是磁珠法，样本量0.85-1ml，按也就是说他的每个反应里面含有15IU个单位，如果1IU=5.6copies计算的话，就是它的灵敏度为84copies/反应。你理解了吗？

huangchj03

会飞的鱼 发表于 2015-2-5 13:34
还有，你的数据是copy/反应，但是现在乙肝的检测要求已经到了30IU/ml,大概1IU=5.6copy吧，前面我弄反了。这 ...

就按你说的乙肝的检测要求30IU/ml，如果罗氏的转换也按1IU=5.6copy，计算后为168copies/ml，罗氏采用的是磁珠法，样本量一般为0.85ml，也就是说处理的样本里面含有142copies个病毒，由于采用的是磁珠法和全自动提取，损失率很低，根据我看到的数据，回收率＞95%，也就是说罗氏提取后的核酸里面为135copies，全部加入都一个反应管里面进行反应，即检测限为135copies/反应，远远大于我讨论的4copies/反应。
根据我看到的资料，罗氏的检测限好像为15IU/ml,转换系数1IU=5.6copy，根据以上原理计算后检测限为67copies/反应，也大于我讨论的4copies/反应，还有很大提升空间.

huangchj03

会飞的鱼 发表于 2015-2-5 13:34
还有，你的数据是copy/反应，但是现在乙肝的检测要求已经到了30IU/ml,大概1IU=5.6copy吧，前面我弄反了。这 ...

提高检测限的方法有很多种，比如核算提取方法，国产试剂一般采用煮沸法和浓缩碱裂解法，现在在血筛检测项目上也开始采用磁珠法，采用前两种方法时，样本量较少，最后加入到反应管中的模板量也少，因此和国际巨头差距较大，采用磁珠法后可以扩大样本提取量，并且最后全部用于反应，大大提高了检测灵敏度，一般提高40倍以上，国内优秀的企业也能做到50IU/ml，就是在核酸提取上取得了突破；试剂、仪器、标准品系统化和自动化也能影响检测限，罗氏在这方面做得很好，整个是封闭系统，国内的厂商目前具备三位一体系统化得不多，试剂主要考虑适合不同机型，不能全面自动化导至不同步骤都有一定的模板损失，因此在灵敏度上很吃亏；第三，仪器的限制，我认真的查看过几乎主流Q-PCR仪的参数，ABI的设备的灵敏度几乎都是只能做到10copies/反应，能区分5000与10000copies，更精密的设备如Roche LC480、Rotor-Gene 6000等可以实现检测单拷贝，但是也仅仅能区分5000与10000copies，可信度为99.7％；第四，就是试剂的优化，也就是我目前要讨论的重点，也就是在其他几个因素都很理想的情况下，试剂盒最优能做到什么程度，也就是4copies/反应，再低的话，就从概率角度都实现不了，这也是我发这篇帖子的主要目的，如果你注意的话，我连续发了好几篇都是与灵敏度相关的帖子，就是要滤清一条主线。

angel555

好专业啊。。。

小绘

ABI的设备的灵敏度几乎都是只能做到10copies/反应，能区分5000与10000copies，更精密的设备如Roche LC480、Rotor-Gene 6000等可以实现检测单拷贝，但是也仅仅能区分5000与10000copies

没理解楼主说的仅仅能区分5000与10000copies？

黄先生

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