一种优于测序的KRAS突变检测方法

检验之星

KRAS基因参与了多种实体瘤的发病，包括结直肠癌和非小细胞肺癌等，而KRAS突变的检测有助于医生选择对肿瘤病人最有效的治疗方法。近日，一个由中国科学家领导的国际团队在《Journal of Experimental & Clinical Cancer Research》上发表文章，称肽核酸钳制PCR（PNA-PCR）技术在检测KRAS突变上比Sanger测序更为灵敏。

文献来源：KRAS mutations in tumor tissue and plasma by different assays predict survival of patients with metastatic colorectal cancer.

这篇文章的通讯作者是军事医学科学院附属医院消化道肿瘤科主任徐建明教授。在这项研究中，中国、美国及意大利的研究人员调查了416例转移性结直肠癌患者的样本。这些患者在2007年至2011年期间被送往军事医学科学院附属医院，并接受两个周期或以上的化疗。研究人员回顾性搜索了FFPE样本中的KRAS突变，以及242个配对血浆样本中的突变。

研究人员将PNA-PCR与Applied Biosystems 3100基因分析仪上的直接测序进行了比较。他们还将组织和血浆中的KRAS突变检测与化疗后的临床结果相关联。在FFPE肿瘤组织中，KRAS状态与临床反应或无进展生存期之间没有关系。

总体考虑组织和血浆结果，两个样本中的野生型基因型导至整体生存期中位数长5个月，而通过PNA-PCR检测到组织和血浆样本中KRAS突变不一致的患者，或两个样本类型中都有突变的患者，生存期缩短。

此外，PNA-PCR检测到41%合并样本中的KRAS基因改变，而测序只检测到30%的突变，这使得作者得出结论，PNA-PCR是一种更灵敏的检测。与血浆相比，突变在组织中更频繁，而在70%的病例中，血浆中的突变状态与组织一致。5%的样本在血浆中表现出突变，而在组织中没有，作者将其称为肿瘤异质性。对于血浆样本，测序的KRAS突变检出率为17%，而PNA-PCR为31%。

研究人员认为，KRAS突变状态与转移性结直肠癌患者的预后相关。肿瘤组织和血浆中的KRAS突变是预后不良的强大指标。

PNA-PCR这项技术利用肽核酸（peptide nucleic acids）来钳制野生型序列的扩增。由于PNA与DNA之间的结合力很强，故结合了PNA探针的野生型序列无法扩增，而当序列发生突变时，结合力变弱，则能够在聚合酶的作用下进行扩增。在这项研究中，PNA探针被用于抑制野生型KRAS基因的密码子12和13的扩增。

其他研究人员也利用这项技术来检测非小细胞肺癌以及循环无细胞DNA中的KRAS突变。美国DiaCarta公司也开发出一种类似的钳制技术，利用的是XNA。DiaCarta的一系列试剂盒已经通过CE认证，利用这种方法来检测全血样本中各种癌症相关的突变，包括KRAS。

来源：医脉通