掌上测序仪初显巨大潜力

检验之星

纳米孔测序也被称为第三代测序，而Oxford Nanopore公司则是这一领域的先行者。去年11月，该公司启动了掌上测序仪MinION的早期试用计划。这个备受关注的测序仪只有USB大小，可以实现即插即用。

East Anglia大学和Public Health England的研究团队十二月九日在《自然-生物技术》（Nature Biotechnology）杂志上发表了使用MinION获得的研究成果，他们用MinION鉴定了一种多重耐药菌的抗性基因。这项研究表明，这一技术能够很好的用于传染病诊断。

“长读取”测序对于确定抗性基因的位置是非常重要的，纳米孔测序就是一种长读取的基因组测序技术。此前的长读取测序需要在昂贵的仪器上进行，而且操作起来比较复杂，往往只能在专业性的实验室里使用。而MinION非常小巧轻便，售价更低至650英镑左右。

最近在全球范围扩散的伤寒沙门氏菌（Salmonella Typhi）单体型H58是一种具有多重耐药性的突变株。研究人员通过鉴定其耐药基因，证明了MinION在临床上的实用性。

耐药性基因在染色体上的确切位点被称为抗生素抗性岛。研究显示，MinION只用18小时就能得出鉴定结果，而且精确性与现有技术差不多。

领导这项研究的Dr Justin O’Grady说：“新兴的抗生素抗性正在快速扩散，而这类技术将为耐药性检测带来一场革新。”

“在此之前，用传统方法做这种分析要花几个月的时间，因为测序后要进行大量的分析工作。人们最终拿到结果的时候，很可能已经无法为临床诊疗提供指引了。”

研究人员指出，低成本速度快的纳米孔测序与短读取测序结合，能够为人们提供组装完全的细菌基因组，相信公共卫生机构和临床实验室很快就能从中获益。此外，纳米孔测序系统经过进一步改良之后，将不再需要短读取数据。

这项研究首次为人们展示了，MinION解决重要生物学问题的巨大潜力，这一技术可以广泛用于临床上的细菌鉴定、传染病诊断和耐药性检测。

原文检索：

Philip M Ashton, Satheesh Nair, Tim Dallman, Salvatore Rubino, Wolfgang Rabsch, Solomon Mwaigwisya, John Wain& Justin O’Grady. MinION nanopore sequencing identifies the position and structure of a bacterial antibiotic resistance island. Nature Biotechnology, 08 December 2014 doi:10.1038/nbt.3103

来源：生物探索