来源:小桔灯网 作者:山欸岖 从新冠发生以来,全球出现了一系列的新冠病毒的变异株。 变异株的出现可能导至病毒传染性增加,也可能会导至致病力增强,更重要的是可能出现免疫逃逸,影响疫苗的效应。 当然,变异株的出现对于核酸检测工作也是影响甚大。 那么,我们该如何检测试剂对变异株的检测能力呢? 我们以疾控中心公布的序列为例: 第一种方法 通过GISAID直接查询,我们直接打开PrimerChecker 可以自己输入引物探针序列 当然也可以通过选择具体的检测体系,如下 最后选择我们需要查询的时间就可以提交了 结果出来了,我们还可以进行进一步的筛选分析,可以具体选择 1. 上游引物、下游引物或者探针 2. 突变的位置 3. 变异株 4. 国家等以及更多的筛选 结果部分,我们能够看到不同时间突变占得比例,以及3端有突变所占得比例 具体的出现与引物错配的序列,错配的位置、个数及具体碱基等详细信息。 第二种方法 根据WHO公布的受关注的变异株,在数据库中下载对应的新冠序列并下载 然后将我们的引物直接贴上去就可以看出引物与序列是否存在错配 第三种方法 同样根据WHO公布的变异株的具体突变位点,也可以在GISAID数据库中查看 找到这些位置的具体突变 然后对照自己引物探针的位置及序列就可以检测到是否与这些变异株有错配 引物探针是新冠核酸检测试剂的基础,其重要程度可见一斑,因此为了试剂的性能,我们一定要判断引物探针对变异株的检测能力。 |