疫情之下，“鉴病毒”与“寻真凶”工作两手抓，防控有真招！

2021-1-20 10:00| 编辑: 归去来兮| 查看: 1523| 评论: 0|来源: 小桔灯网

摘要: 面对疫情反复、多点散发，早期的精准检测和深入的溯源研究都很重要。在1月16日河北省新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会上，河北省人民政府副省长徐建培表示，开展大范围核酸检测是尽快把疫情控制在最小范围的关键一招 ...

面对疫情反复、多点散发，早期的精准检测和深入的溯源研究都很重要。在1月16日河北省新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会上，河北省人民政府副省长徐建培表示，开展大范围核酸检测是尽快把疫情控制在最小范围的关键一招。与此同时，针对此次疫情的流调溯源工作也在紧张的进行中。

河北省疾病预防控制中心应急办主任、流行病学专家师鉴表示，“本次疫情病例分布呈现局部高度聚集性，感染者主要来自于农村地区。为快速有效控制疫情，摸清危险因素，我们在国家专家现场指导下，在部分兄弟省份帮助下，夜以继日共同开展此次疫情的流调和溯源工作。经过国家疾控中心与我省疾控中心共同对来自石家庄、邢台市多例病例样本进行基因测序比对，排除与我国既往本土疫情的相关性，提示引发本次疫情的病毒由境外输入。现在多条线索都在紧张排查过程中，目前还没有得到最终结论。”

那么，针对上文提到的大范围核酸检测和基因测序两种技术手段，需要用到哪些核心设备，如何快速开展相关的防控工作？小编带您逐一了解。

大范围核酸检测篇

与常规的核酸检测相比，在短时间内开展大范围核酸检测的难度主要在于专业的核酸检测实验人员、实验场地、自动化设备和试剂耗材，以及大量待检样本的预处理与数字化管理等。

在这个过程中，通过对样本分装/试剂分装、核酸提取以及RT-PCR反应体系配置等限速步骤的高度自动化，例如华大智造高通量自动化分装设备MGISTP-7000，高通量自动化提取设备MGISP-NE384，以及兼容自动化提取和RT-PCR反应体系配置的多功能自动化移液工作站MGISP-960，可以实现大量待检样本的批量处理。

其中，高通量自动化分装设备MGISTP-7000相当于一台自动化的“拧盖机+转板器”，可以在40分钟内完成192管样本的精准分装（含样本信息录入），省时省力。在人手紧张的疫情前线，1个人可以同时操作4-5台设备，极大地提供了工作效率。

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视频1：实验人员向大家介绍MGISTP-7000的工作原理

针对分装后的样本进行核酸提取，华大智造最新研发的高通量自动化病毒核酸提取设备MGISP-NE384（New！），最大的亮点就是“高通量”：单轮提取量384管，单机日检测通量高达10,000管，能够快速提升检测“火力”。

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视频2：实验人员表示，在核酸提取这一环节，最初的手工操作单轮最多可完成10+样本提取，利用MGISP-960可实现单轮192样本的自动化提取，而利用最新款的MGISP-NE384则可实现单轮384样本的自动化提取，提取效率越来高。

特别地，考虑到大规模核酸检测对多台自动化设备的需要，以及室内/室外检测场地的温湿度情况，在应急形势下能够随时“拔地而起”、随时开展核酸检测的P2+实验室空间成为重要武装力量。目前，在疫情前线投入使用的替代方案有集装箱方舱、移动检测车，还有一种最新的、可收纳的“帐篷式”实验室。

图1：多种形式的可移动核酸检测实验室

这种帐篷式的核酸检测实验室采用ClearStrong的杀菌膜材和骨架，像行军帐一样可折叠，可灵活移动，超坚固，抗低温。一般3-4个“帐篷”组成一组，日检测量3万-10万管，每个帐篷使用独立的洁净空调，可实现+10Pa至-20Pa的气压调节，能承载足够安全的负压环境，保证实验人员的安全。

图2：驻扎在室外的核酸检测实验室（帐篷版）

此外，针对大范围核酸检测所需的多台自动化设备进行信息化管理，华大智造提供配套的信息采集系统ZSM COVID和实验室系统ZLIMS COVID。通过这两个系统，不仅能够满足大量待检样本的多元化录入（移动端/PC端均可适配），而且还可以实现从信息录入到信息输出的全流程数字化管理，满足大范围核酸检测的需求，同时提供可视化的看板功能，支持设备联动和集中调度。

基因测序篇

作为最早发现新冠病毒确诊病例的方法，高通量测序技术在发现新病原、识别已知病原和鉴定未知病原等方面发挥了关键作用。石家庄邢台病例的样本通过基因测序比对发现，其结果属于欧洲家系分支，在全球公开数据库和我国的基因库检索中，没有发现高度同源的基因组序列，可推断此次疫情病毒来自境外。另外，本次疫情新冠病毒全基因组序列也不含有英国、南非变异病毒。溯源工作的展开，需要借助基因测序技术。

完整的高通量测序解决方案，有利于溯源工作的快速展开。基于自主研发的自动化样本制备系统MGISP-100、高通量基因测序仪MGISEQ-200、PFI病原感染快速鉴定系统，华大智造提供本地化的测序平台，以及专业的测序方法（宏基因组测序/多重PCR扩增子测序），可快速、准确、全面地将待检样本中可能感染的病毒进行分类鉴定，并提供完整的病毒基因序列信息。

目前，由华大智造提供的高通量测序平台已在各地疾病预防控制中心、公共卫生研究院、海关实验室、高校实验室发挥了重要作用，助力多地新冠疑似病例的确诊，并为揭示新冠病毒基因组流行病学提供了参考和依据。

图3：华大智造高通量测序解决方案

韩国基础科学研究所RNA 研究中心、国立首尔大学和韩国疾病预防控制中心利用华大智造DNBSEQ 技术以及单分子测序技术，利用MGISEQ-200对新冠病毒感染的Vero细胞总RNA进行了分析，并结合以往研究给出了新冠病毒转录组和表观转录组的高清图谱。

佛山市疾病预防控制中心利用华大智造高通量测序解决方案（如图3▲）搭建了首个地市级「加强版」常态化疫情防控平台，具备自主测序能力，能够应对未知感染，发现或识别新发病原，并且对未知病原进行快速而准确的鉴定。

结束语

将疫情防控落实到位，需要做好能力建设和技术储备。其中，支持大范围核酸检测的一系列自动化设备已成为疫情防控的“中坚力量”。但如何在核酸检测的同时，将基因测序设备和溯源分析能力快速投入疫情“战场”，这一点值得重视和思考。

推进各地疫情防控工作的全覆盖，既要具备随时随地立即开展核酸检测的能力，也要掌握溯源研究的基本工具和技术平台。针对疫情防控这一全球性问题，实践是最好的试金石。

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