穿山甲冠状病毒研究没有发现直接进化为SARS-CoV-2的证据

近日，美国和中国的研究人员对马来亚穿山甲进行了新的分析，发现没有证据表明SARS-CoV-2病毒是直接从穿山甲冠状病毒进化而来的（pangolin-CoV-2020），似乎与上周发表的一项研究相矛盾。Nature暗示穿山甲可能是SARS-CoV-2的中间宿主。

在上周发表的《自然》研究中，由华南农业大学的研究人员领导的一个研究小组在25只马来亚穿山甲（Manis javanica）的肺组织中搜索了SARS-CoV-2样病毒，这些病毒在3月和8月被海关官员没收以及2019年的四只中国穿山甲（M. pentadactyla）。研究人员说，他们在17个马来亚穿山甲中分离出了穿山甲病毒，该穿山甲病毒与SARS-CoV-2具有高度氨基酸同一性，包括在S蛋白的受体结合域。

SCAU的Yongyi Shen及其同事在论文中写道：“在穿山甲中分离出一种与SARS-CoV-2高度相关的冠状病毒，表明它们有可能充当SARS-CoV-2的中间宿主。”

但是，现在，另一个研究人员小组表示，根据自己的结果得出了不同的结论。在周四发表在《PLOS病原体》上的一项研究中，由广东省应用生物资源研究所的陈金平领导的一个研究小组组装了在三只患病的马来亚穿山甲中鉴定出的冠状病毒的完整基因组。但是，尽管分子和系统发育分析表明穿山甲CoV-2020与SARS-CoV-2以及一组蝙蝠冠状病毒具有遗传相关性，但数据并不支持SARS-CoV-2直接从穿山甲中产生的理论-CoV-2020，研究人员说。

《自然》研究的作者没有回应有关分歧结果的评论请求。

对于PLOS病原体研究，研究人员对来自三只马来亚穿山甲的样品进行了宏基因组测序和从头进行病毒基因组装配，回收了38个重叠群，范围从380到3,377个核苷酸。三个样品的重叠群之间的序列同一性为99.54％。然后，他们从这三个样本中收集了序列，并组装了穿山甲冠状病毒的基因组草图，之后，他们利用扩增子测序进行了空缺填补，从而获得了近乎完整的基因组序列。发现该穿山甲-CoV-2020基因组具有29,521个核苷酸。

研究人员说，重要的是，基因组分析表明，穿山甲CoV-2020与SARS-CoV-2和Bat-CoV-RaTG13具有高度同一性，这是蝙蝠中SARS-CoV-2的拟议起源。穿山甲-CoV-2020和SARS-CoV-2之间的核苷酸序列同一性为90.32％，穿山甲-CoV-2020和BatCoV-RaTG13之间的核苷酸序列同一性为90.24％，但是SARS-CoV-2和Bat-lin之间相应区域的序列同一性。 CoV-RaTG13为96.18％。

进一步分析发现，穿山甲CoV-2020和SARS-CoV-2具有相同的血管紧张素转换酶2（ACE2）受体。但是，研究人员还发现，穿山甲CoV-2020，SARS-CoV-2，Bat-CoV-ZXC21和Bat-CoV-ZC45的S基因在序列相似性上并不相同，这表明重组事件可能与发生在这些冠状病毒的进化过程中。

作者写道：“在基因组水平上，SARS-CoV-2在基因上也比穿山甲-CoV-2020更接近Bat-CoV-RaTG13。” 系统发育分析和SARS-CoV-2 S基因的特殊氨基酸序列不支持由穿山甲-CoV-2020直接产生的SARS-CoV-2假说。

研究人员指出，尽管他们的研究不支持穿山甲是SARS-CoV-2出现的中间宿主的假说，但他们的研究结果并未排除其他冠状病毒可能在穿山甲中传播的可能性。因此，他们补充说，穿山甲中冠状病毒的监测可以阐明野外冠状病毒的范围，并最大程度地减少人类对这些病毒的暴露。