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指南共识 | 全基因组测序在遗传病检测中的临床应用专家共识

2019-8-12| 编辑: 面气灵| 查看: 231| 评论: 0|来源: 临床实验室

摘要: 近期,中华儿科杂志刊登了一份重磅专家共识,这份集结了众多遗传学家智慧与经验的共识顺应了临床需求,探讨了在遗传疾病检测实践中采用全基因组测序(WGS)的优势以及遗传咨询要点。更重要的是,共识提供了简易的WGS ...



近期,中华儿科杂志刊登了一份重磅专家共识,这份集结了众多遗传学家智慧与经验的共识顺应了临床需求,探讨了在遗传疾病检测实践中采用全基因组测序(WGS)的优势以及遗传咨询要点。更重要的是,共识提供了简易的WGS应用指导,看似前沿高端的技术在临床开展起来并没有想象中困难,身在遗传检测一线的医务工作者们通过学习,完全可以建立信心,更高效地服务患者。


接下来,小编为大家整理了共识精华,快速pick关键信息!

本文刊于:中华儿科杂志,2019,57(6): 419-423

作者:

中国医师协会医学遗传医师分会

中华医学会儿科学分会内分泌遗传代谢学组

中国医师协会青春期医学专业委员会临床遗传学组

上海市医学会分子诊断专科分会

01

  WGS与其它遗传病检测方法对比  

点击图片放大

有限:指技术固有局限,对CNV识别不全。

可测:指某些特定情况可测,取决于探针设计。


02

  WGS的送检目的  

  • 对临床诊断不明的遗传病疑似患者,送检目的为寻求分子诊断或鉴别诊断

  • 对临床诊断明确的遗传病患者,送检目的为寻求分子诊断或指导治疗或生育

03

  WGS的临床适应征  

推荐WGS

  • 高度怀疑遗传病可能

  • 患者表型非特异性或临床诊断明确但目标疾病遗传异质性高

  • 为时间或经济效益寻求一次性全面性检测

可使用WGS

  • 目标疾病遗传异质性低,虽已有公认靶向方案,但可能部分致病变异不在靶向检测的范围

不推荐使用WGS

  • 目标疾病相当一部分变异不在WGS检测范围

  • 目标疾病致病基因存在同源基因情况

04

    推荐的临床流程  


检测前遗传咨询应包含

  • 送检的目的和意义

  • 检测方法、周期及局限性

  • 预期结果及可能的风险

  • 数据及样本处理的相关规则

  • 数据再分析的可能性


建议的检测流程应包含信息和样本采集

  • 尽可能详细的临床表型

  • 建议HPO或者CHPO

  • 家族史及实验室检查,病理检查和影像及其他检查

  • 样本来源未做要求

标准操作程序:遵照SOP

确认性实验应包含:

  • 样本真实性的追踪及确认

  • 用于诊断目的的变异的确认

  • 对新发变异应通过父母来源关系检测确认

检测的局限性应留意:

  • 涉及高度重复或同源的基因组区域的检测及分析可能不准确

  • 对于mtDNA 变异识别存在局限性,需用特异性高的mtDNA 检测方法进行验证。原因是线粒体基因组变异有杂质性的特点

  • 部分基因组区域还存在参考序列的误差和空白间隙

  • GC比高区域的覆盖可能不完全

  • 部分变异类型,如环状染色体等复杂结构变异,有待确认


检测报告的要点

报告的发放对象:

  • 建议检测报告先发给送检者指定的有遗传咨询或临床遗传医师资质的专业人员,考虑国情也可同时发放给送检者(或其法定监护人、代理人)

报告的形式和内容:

  • 一般信息

  • 检测信息及局限性

  • 检测结果的报告、解读和结论

  • 遗传咨询和建议 


检测后遗传咨询的注意事项

  • 检测结果做出明确的基因诊断

  • 是否需要针对性的辅助检查来进一步明确检出变异的致病相关性,尤其是对意义不明的变异

  • 是否需要进一步对受检者或家庭成员进行检测验证或排除诊断

  • 根据基因检测结果,是否需进行适当的治疗干预,调整治疗方案或饮食,明确药物禁忌等

  • 根据做出的基因诊断对患者的病情预后发展等进行评估,制定治疗及随访观察计划、并发症的预防干预

  • 对患者和家属提供心理干预或社会救助资源和渠道等

  • 根据遗传规律对父母的再生育风险的评估及其再生育指导,包括产前诊断或辅助生育计划的方式等

  • 患者或先证者的下一代风险评估及其再生育指导

  • 家族内其他家庭成员的风险评估疾病的有关研究进展信息


05

  其他相关问题  

共识中还对于检测的次要发现进行了探讨;在样本和数据处理方面鼓励WGS数据共享和数据的再解读再分析,并对研究与临床诊断的界限给出了建议。此处不再详述,感兴趣的同仁们可以在页面底部点击阅读原文进行查阅。


06

  小结  

这份专家共识给与了遗传检测工作者们很好工作指导,尤其在遗传咨询部分对WGS的使用场景做了充分分析,强调了技术的优势又给出了理性的使用指导,可以为医务人员们在今后开展WGS检测提供实操及参考。

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