基因诊断：现阶段“软件”升级比“硬件”升级更有必要

最近一段时间遗传诊断领域热闹非凡，大家围绕着WGS、CNV-Seq等临床应用讨论激烈。的确随着测序技术的不断进步，我们进入了高通量测序全基因组医学时代。在这种发展趋势下，从临床应用角度出发，及时出台专家共识等是非常有必要，具有重要的行业指导意义。但从本人在医院门诊、微信朋友圈咨询、受邀会诊等病例综合分析，发现行业在数据分析、报告解读、遗传咨询等方面问题重重，未免有点担心。无论是CNV-Seq，还是WGS等，其实都属于“硬件”条件的升级，这个是必然的发展趋势，“硬件”是可以通过竞争降价等手段快速实现的。但我们在“软件”方面的能力如何呢？数据分析是否标准？报告解读是否准确？遗传咨询是否到位？

下面举一个昨天同事遗传咨询门诊的案例：

一个9个月大的女童因“发育迟缓、颈软、不能独坐”等症状先后到三家大医院就诊，在3个月内连续做了三次WES测序，但得到了三种不同的结果。家长带着三份不同的检测报告前来咨询：

【第1家A医院的报告显示，患儿单人WES测序筛查到候选基因，经父母一代测序验证后，明确报了GRIN2A基因(NM_000833.4)存在“错义变异c.1847C>A，p.Ser616Tyr（杂合，De novo）”，该突变ACMG分级为“可能致病性变异”。】

【第2家B医院的报告显示，患儿单人WES筛查到候选基因CTBP1基因的frameshift变异，评级为“可能致病性变异”。建议父母留样本。未报其他基因】

【第3家C医院的报告显示，（1）患儿WES未找到明确致病基因；（2）筛查到GRIN2A基因c.1847C>A，p.Ser616Tyr可能与部分症状相关，但未进一步验证父母此位点，未进行ACMG分类】

根据以上报告结果，我们先研判一下GRIN2A基因c.1847C>A，p.Ser616Tyr的致病性。这个基因属于NMDA受体，在神经系统发育过程中发挥重要的生理作用，是已知明确的致病基因，可导至“癫痫性脑病、癫痫、智力障碍、语言发育迟缓”等。这个基因已经有150多种致病突变类型被报道，其中大部分为错义变异。此患儿c.1847C>A，p.Ser616Tyr虽然为novel变异，但位于重要M2 transmembrane domain中，此区域在正常人群中无错义变异，但在病例中已有多个致病性错义突变被报道（Brain. 2019;142(1):80-92.），其中p.N615K突变有明确的功能研究（Nat Genet. 2010;42(11):1021-6.等）。因此从变异分级的角度，是完全能达到ACMG“可能致病性变异”级别的（PM1+PM2+PM6）。

该患儿目前主要的疑虑是暂无“癫痫”症状，因此对是否GRIN2A基因致病提出质疑，这也是她短期内反复检测WES的主要原因。但查询该基因所致疾病表型与基因型综述性文献发现，有12.3%( 192/219例数; Brain. 2019;142(1):80-92.)患儿是没有癫痫症状的。另外可能该患儿就诊年龄较早，癫痫、智力发育等症状暂未发作或不明显。

关于第2家医院报道的CTBP1基因，查询文献后发现这个基因是2016年新报道的基因，可能导至发育落后等，但目前报道病例极少，粗略能查到只有R331W位点变异（de novo ，Neurogenetics.2016;17(3):173-8.）。结合该基因在对照人群gnomAD中LoF类型变异出现频率，暂不考虑此基因。（家长口述，该基因后来证实遗传自父母，已排除）。

综合以上情况，该患儿的致病基因较明确，推荐到几个医院儿童神经内科专科就诊，此类疾病药物治疗进展很快，需要积极随访治疗。关于二胎风险等，虽然再发可能性较低，但还是建议孕前到专业产前诊断中心咨询，必要时做产前诊断。

这个案例还是非常具有代表性的，从中我们可以发现各个实验室对“致病基因、致病变异”的判别标准差异较大。总结主要有：（1）把不明确临床意义的基因误认为致病基因；（2）把人群多态性误认为致病性变异；（3）明明致病基因已在报告中，但放在了一些VUS中，导至漏诊；（4）打着ACMG幌子，误分类变异级别（有些实验室至今都不按照ACMG指南出报告）等。这些情况归根到底还是“软件”的问题，是人员的解读能力不行，过多依赖于“机器”出报告。很多从业人员都是“本本族”，缺乏系统的临床实践培训。

个人感想，我们需要积极改善“硬件”条件，及时更新升级换代。但不应该急功近利、盲目在临床滥用，不应该“大跃进”式追求样本检测量，更不应该攀比谁有“硬件”条件。应该把更多时间精力花在“软件”提升方面，“软件”实力除了分析软件升级、各类数据库积累、分析流程优化外，更多还是人员能力的提升。从业人员需要系统的学习医学、遗传学等基本理论知识，需要接受一段时间扎实的临床实践培训（包括熟悉实验操作流程、数据实操分析、门诊遗传咨询见习等）。更重要的是，在浮躁的环境下，需要有踏踏实实做好每一个实验、认认真真出好每一份报告的责任心、敬业心与诚信心。

2019.7.6晨随笔王剑

（注：以上所举案例、观点等纯属学术讨论，无意批评贬低同行。本人也出过很多不完美的报告，需要不断学习，敬请谅解。）