编者按 在 2017年全国感控年会上，中华预防医学会医院感染控制分会主任委员、复旦大学附属中山医院胡必杰教授呼唤快速有效的病原学诊断---二代基因测序技术，直击中国感控要害。2018全国感控与耐药感染大会上胡必杰教授再次强调，感染性疾病的诊治，降低感染的病死率，改善预后的最核心问题依旧依赖于快速、准确的病原体诊断，同时分享了1年来使用微生物最新检测技术---二代基因测序技术（NGS）在抗感染精准治疗中的临床实践体会。
一、目前抗感染治疗过程中使用抗生素常见的错误
二、国内微生物检测的现状与方向 目前临床面临的状况是病原体越来越复杂，耐药情况越来越严重，对微生物实验室的质量要求越来越高。细菌学检测技术的发展方向：
三、国际视野 2018年ECCMID年会：微生物和感染控制需要密切结合，并报道了基因的监测技术，尤其是二代测序技术在控制细菌感染中的应用。二代测序技术具有简便、快速、灵敏度高、对微生物的检测覆盖面广的优势，对微生物的追踪很有意义。二代测序技术目前影响推广最核心的问题是价格昂贵。如果技术推广、价格降低，您做好解读复杂微生物报告单的准备了吗？
四、二代测序技术应用在上海中山医院1000多例临床实践案例分享 意料之外、情理之中——肺诺卡菌病的诊断 案例一 女62岁，反复发热咳嗽、咳痰7月，最高体温达39.5℃，多次痰培养铜绿假单胞菌；抗感染治疗后热退，停药后病情反复，发热间歇期逐渐缩短。对支气管肺泡灌洗液（BALF）行宏基因检测，提示诺卡氏菌感染。后与微生物实验室沟通延长标本培养时间，7天后报告诺卡氏菌。抗感染治疗方案改为亚胺培南+复方SMZ，10天后复查CT提示炎症明显吸收，出院改为口服复方SMZ+利奈唑胺治疗，疗程3个月，未再复发。 案例二 男65岁，反复发热、咳嗽伴痰血8年，CT显示：双肺多发斑片斑点影。先后予抗结核、抗真菌和激素治疗，病情反复。2017.10.22再次出现症状，痰涂片找抗酸杆菌2+，ESR 31mm/H；肺泡灌洗液mNGS提示诺卡菌生长（华莱士诺卡菌），痰涂片抗酸杆菌1+，。治疗1个月后门诊随访，患者咳嗽咳痰明显好转，再无发热和咳血。病人表示8年来从未感到呼吸如现在这般顺畅，复查胸部CT示，肺病灶大部分吸收，炎症标志物下降至正常：CRP 1mg/L，ESR 10mm/H。 案例三 男35岁，2017年12月初出现发热、Tmax 40℃，伴咳嗽咳痰（黄脓痰），盗汗。外院予抗感染治疗（头胞哌酮舒巴坦+左氧氟沙星、莫西沙星+奥司他韦等），症状反复无缓解，精神萎靡，纳差，2个月内体重下降14kg。2018年1月18日入中山医院。入院后诉头痛，伴恶心，肺部CT：两肺炎症伴实变、不张，头颅MR：脑内广泛多发病变，病灶周围明显水肿。常规微生物学检查均无阳性结果。脑脊液、肺组织匀浆的mNGS：提示诺卡菌感染。治疗：利奈唑胺0.6g q12h+SMZ 1.44g tid+美罗培南2g q8h。患者头疼缓解，未再发热。复查胸部CT：两肺病灶较前吸收好转，头颅MR：脑内广泛多发病变较前吸收，水肿范围缩小。针对脑部诺卡菌治疗需延长到6月。 感慨：由于常规微生物检测技术的限制，导至无法及时发现诺卡菌。这些案例说明，诺卡菌病已经不是罕见疾病了。 从基因水平提供病原学依据---大大缩短诊断时间 案例四 女23岁，学生，发现右侧颈部肿块1月。T-SPOT A/B: 35/19，临床考虑颈部淋巴结结核。传统方法始终未获取病原学依据。颈淋巴结穿刺第二天，颈淋巴结穿刺脓液mNGS提示：结核分枝杆菌感染。淋巴结清创术后第3天，颈部组织mNGS：结核分枝杆菌。 案例五 男27岁，右肋腰部肿块2月，T-SPOT A/B: 69/13, 右侧腰部脓肿穿刺，较多凝固性坏死及中性粒细胞，结核坏死不能除外，抗酸（-）穿刺液涂片找抗酸杆菌（-）;。右侧肋腰部脓液涂片找抗酸杆菌和分支杆菌培养各5次均为阴性；痰找抗酸杆菌的分支杆菌培养各1次，均阴性。不同部位标本mNGS提示结核分枝杆菌感染。 案例六 女79岁，Tmax 38.8℃，咳嗽咳痰，发热4天。2017.9.2肺部CT提示：两肺轻度多发感染灶，怀疑结核或者真菌感染，2017.9.6肺部CT：两肺多发感染灶明显加重，支气管镜检查管腔内见较多脓性粘稠分泌物，灌洗液及咳出物：抗酸杆菌（+）。9.10肺泡灌洗液NGS结果提示：鸟分枝杆菌。9.15肺泡、肺组织分枝杆菌培养陆续报告阳性10.24微生物回报：胞内分枝杆菌。因NTM生长较慢，并有杂菌污染，多次药敏试验失败。
案例七 男45岁，体检发现左下肺结节2月，无发热、咳嗽、咳血、乏力盗汗等。9.29CT左下肺结节1.2cm。WBC9.96，N67.4。给予头孢呋辛+阿奇霉素治疗；10.18隐球菌荚膜抗原1:80，改用氟康唑0.4 qd。11.18、11.27CT较前进展，WBC 7.86，N65.3%,，ESR32，CRP 8.0，PCT 0.19，G/GM:(-),T-SPOT61/42。提示：结核？隐球菌？氟康唑耐药？结果肺穿刺组织培养：新型隐球菌，mNGS：隐球菌属。
案例八 男56岁，左下肢红肿3周，皮肤水泡破溃1周，重症肌无力，胸腺瘤切除术后4年。2018.2.18出现左小腿外侧和左外脚踝处皮肤发红，范围逐渐增大，皮温升高，伴疼痛。3月初出现绿豆大小透明水疱。外院予哌拉西林他唑巴坦、头孢米诺治疗，红肿无好转，疼痛明显。3月11日胸部CT：右肺小结节，两肺散在少许慢性炎症及陈旧灶。3月13日左小腿皮肤红肿、右腋窝结节。3月16日小腿皮肤组织NGS：新生隐球菌。小腿皮肤活检标本真菌培养：新生隐球菌。左小腿皮肤活检病理符合真菌感染，隐球菌感染可能性大。 感悟：在隐球菌病确诊12例中NGS检出6例，检出率50%。2例肺组织匀浆，4例BAL。这些数据告诉我们，二代测序技术在检测真菌方面同样具有一定的意义。
二代测序技术---不同部位、不同标本中大显身手 案例九 男56岁，发热咳嗽咳痰23天。肺部CT变化见下图：
痰培养（3-7天）：烟曲霉，mNGS:（48小时）：烟曲霉。给予伏立康唑静滴+两性霉素B雾化吸入+糖皮质激素抗炎。起始卡泊芬净联合治疗12天，好转出院。
案例十 男41岁，咳嗽咳痰20年，间断痰血5年，加重5天。2017.10.27、10.29、10.31痰标本：涂片找细菌、真菌、抗酸杆菌均为（-），培养（-）。10.27肺泡灌洗液：细菌、真菌、曲霉、分枝杆菌培养（-）。GM试验0.77ug/L，烟曲霉lgG抗体>500AU/ml，烟曲霉lgM抗体<31.25AU/ml。10.29肺泡灌洗液NGS检测：肺曲霉菌。10.31予伏立康唑0.2 q12h，症状好转，痰血停止。
案例十一 女53岁，反复咳嗽、咳痰4年余。
初步考虑隐球菌感染。送检痰液mNGS结果：第二天回报曲霉菌。此病例让我们对曲霉菌感染的影像学有了不同认识。 NGS在曲霉感染中的应用情况： 怀疑曲霉菌感染患者44例，送检标本81份。 血液标本5份、呼吸道标本76份。 诊断烟曲霉感染17例（包括病理阳性）。 NGS与常规培养方法阳性率比较：NGS阳性率85.2%，真菌培养阳性率51.6%， NGS检测的敏感性更高。
病例十二 医院内获得性病毒感染
病例十三 男54岁，反复关节疼痛8年，加重伴红肿2周。血WBC 19.79，N 90.9%; ESR 78mm/H, CRP242mg/L, 12月5日局部脓肿行穿刺抽液送微生物涂片+培养及二代测序。二代测序结果：军团菌属，见下图
案例十四 男54岁，反复咳嗽伴咳血1年，右胸壁肿物3月余。血WBC 12.54. N 77.8%。CRP 75.8mg/L, ESR 76mm/H ,PCT 0.12ng/ml。T-SPOT A/B：1/0 。痰涂片、伤口脓液找细菌、真菌、抗酸杆菌均无结果。9月15日腹盆增强CT：右侧多个胸腹壁肿物。9月22日mNGS:考虑肺部厌氧菌（具核梭杆菌、福赛斯坦纳菌和牙龈卟啉单胞菌）混合感染，继发脓胸、胸壁脓肿，给予哌拉西林/他巴唑+左奥硝唑治疗后痊愈，具体检验治疗结果见下图：
案例十五 男51岁，右侧胸痛1周，WBC 11.78x109/L, N 83.4%,CRP204.4mg/L, ESR 78mm/H ,血培养（-），胸部CT：右下肺团片影，右侧少量胸腔积液。18年1月23日，B超引导下引流45ml棕黄色脓臭液体，微生物涂片、培养均阴性，1月25日mNGS诊断：右肺脓肿（产线菌属及具核酸杆菌感染）。 案例十六 男43岁，反复咳嗽咳痰5年余。脓液培养：溶血链球菌。mNGS检测出传统难以生长的厌氧菌，诊断：左肺慢性肺脓肿（普氏菌等厌氧菌混合感染）。
小结 脓液标本的培养 vs 二代测序技术（NGS）
感悟 宏基因检测技术为感染性疾病的病原学诊断打开了一扇门，虽然它不能解决所有的病原学诊断问题，但目前的宏基因监测技术，可以解决部分疑难感染的病原学诊断，缩短感染病确诊时间，尽快目标性抗感染治疗，改善患者预后。随着基因检测技术的发展，人们对检测报告单的正确解读，我们有理由相信感染性疾病的病原学诊断和鉴别诊断会越来越好！
|
/3 
浙公网安备33010802005999号 
