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快讯!微远基因IDseq™首发,病原宏基因组学进入2.0时代

2019-4-10| 编辑: 面气灵| 查看: 376| 评论: 0|来源: 测序中国

摘要: 2019年4月9日,第一届华南地区医院感染与抗感染多学科协作高峰论坛在广州市召开,近800位临床专家参加此次大会。微远基因首席技术官许腾博士受邀作题为“IDseq™推动病原宏基因组学进入2.0时代”的专题报告,并 ...

2019年4月9日,第一届华南地区医院感染与抗感染多学科协作高峰论坛在广州市召开,近800位临床专家参加此次大会。微远基因首席技术官许腾博士受邀作题为“IDseq™推动病原宏基因组学进入2.0时代”的专题报告,并正式发布微远基因病原宏基因组学产品IDseq™。 

图1. 微远基因首席技术官许腾博士

在大会作报告分享

病原宏基因组学临床应用进展


据报道,2018年全国下呼吸道感染、脓毒血症和中枢神经系统感染患者达1200万以上。而培养、PCR等传统病原学诊断方法在敏感性、特异性、检测范围等方面与临床迫切需求之间存在巨大差距。病原宏基因组学检测无需培养,直接从临床样本提取核酸,进行高通量测序,对病原体进行种属鉴定和深入分析。病原宏基因组学作为一种颠覆式的病原体诊断技术,在2014-2017年之间临床应用进展迅速,但在复杂样本处理、病原体富集和生信报告算法等多个方面仍需进一步提升。

据介绍,微远基因首席技术官许腾博士于2009-2012年在美国德州大学健康医学中心进行博士后研究,2012-2017年在美国SA Scientific公司担任研发负责人、资深科学家。 2018年,许腾博士回到国内,带领微远技术团队,经过近一年的技术开发和升级,推出病原宏基因组学2.0产品IDseq™。

图2. IDseq™ for ID doctor

IDseq™临床大样本评估数据发布


微远基因告诉测序中国,2018年该公司与中国医学科学院病原所、复旦大学附属华山医院、广州呼吸健康研究院等单位进行转化研究与IDseq™临床评估。评估样本类型以血液、呼吸道样本和脑脊液为主,并覆盖组织、关节液、胸腹水等其它类型样本。

数千份的临床大样本评估结果显示,IDseq™检测能涵盖细菌、真菌、病毒、寄生虫等广泛病原体。脓毒症和重症肺炎患者的临床评估结果表明,IDseq针对血液样本的阳性率可以达到40%以上,呼吸道样本的阳性率可达到60%以上,显著高于传统方法,并具备检测混合感染和新发罕见病原体的优势。在RNA病毒的检测效能方面,IDseq™的基因分型和溯源能力显著提高。在2018年12月-2019年2月流感季期间,对H1N1、H3N2等甲型流感病毒检测效果优异。

IDseq™三大关键技术突破


微远基因介绍,针对病原宏基因组学的临床需求与优化方向,IDseq™取得了以下三个关健技术突破

1. Patho-NET(Nucleic Acid Enrichment Technology,多类型复杂样本前处理技术),通过对多类型复杂样本进行前处理,人源宿主核酸有效去除,实现病原体核酸富集,提高病原体的检测效能。

2. CAPTureComprehensive Analysis of Pathogen Triangle,宏基因组学+宏转录组学并库技术),从宿主、病原体和药物三个维度的出发,为临床感染精准诊疗提供更加丰富全面的参考信息。

3. CRP(Clinical Reportable Pathogens,临床病原定制三级数据库与智能报告算法),建立“大而全”的科研级数据库与“精而准”的监管级临床数据库,进行双向扩充和优化,结合病原体序列信息与临床知识库进行智能化解读与自动报告。

图3. IDseq™三大关键技术突破

病原宏基因组学进入2.0时代


宏基因组学方法已有近十年发展历程,于2014年进入临床感染性疾病诊断领域,显著提高了病原体检出率,提升了罕见病原体的检测能力。IDseq™在复杂样本处理、病原体富集和生信报告算法等方面取得了关键突破。如许腾博士最后所总结的,病原体富集技术(Patho-NET)能够精准捕获(CAPTure)和深入分析临床可报级别病原体(CRP),进而辅助临床病原学诊断与感染精准诊疗。

病原宏基因组学迈入2.0时代,从宏基因组学扩展到宏转录组学,从病原体单维度检测走向病原、宿主和药物作用多维度分析,使得精准医学从生育健康和肿瘤检测延伸到感染性疾病领域,提升疑难复杂感染性疾病的精准诊疗水平。


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