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产前全外显子科研报告需要包括哪些内容

2019-3-12| 编辑: 小桔灯网| 查看: 260| 评论: 0|来源: 基因检测与解读

摘要: 最近游侠拜访江苏一家产前诊断中心,该中心做分子诊断的朋友向游侠诉苦,在一家测序公司做了异常胎儿的全外显子,但是拿到科研分析报告傻眼了,好多个excel表格,每个表格几千行位点注释信息,到底哪一个才是需要重 ...


    最近游侠拜访江苏一家产前诊断中心,该中心做分子诊断的朋友向游侠诉苦,在一家测序公司做了异常胎儿的全外显子,但是拿到科研分析报告傻眼了,好多个excel表格,每个表格几千行位点注释信息,到底哪一个才是需要重点关注的基因位点呢?游侠趁此机会谈谈自己的理解与想法,不对的地方还请大家斧正。考虑到产前异常胎儿遗传物质变异的类型比较复杂,有非整倍体、拷贝数异常、单碱基与indel变异,所以科研报告也应该这几部分。

 

    首先我们来看第一个非整倍体,包括多倍体和三体,这种变异在早期流产的胎儿中比较常见,实际上全外显子也可以分析这种类型的染色体水平的异常,当然四倍体除外,主要的原理是通过计算等位基因测序深度与该位点总测序深度的比值(VAF),如果是三倍体的话,该样本的VAF会集中在00.330.661四个位置附近,而如果只是正常的二倍体的话,VCF会集中在00.51三个位置附近。

 

(该样本为18三体)

其实通过VAF不仅可以分析非整倍体,对于大片段重复也有很好的提示,另外还可以分析LOH,这与基因芯片分析的原理比较相似。

(该样本在9号染色体存在大片段重复)

  

    其次,对于拷贝数变异,在产前超声异常的胎儿中很常见,很多微重复微缺失综合征都与这种类型的变异有关,WES分析CNV的原理是通过与对照组比较测序深度,如果缺失则比值为0.5左右,如果重复则比值为1.5左右,考虑到假阳性与特异性,目前业界认为分辨率为三个外显子效果比较好,其他影响准确性的因素还包括测序数据量、实验操作一致性等,通过游侠开发的WES-CNV软件可以很好地分析全外显子CNV变异。


(该样本在9号染色体存在大片段重复)

 

    最后是单基因与indel变异,最近顶级医学杂志Lancet同期发表了两篇大规模超声异常胎儿WES分析结果,结果证明WES可以解释相当一部分胎儿的畸形原因特别是胎儿骨发育异常和多系统异常有更高的阳性率,文章中建议通过TRIO模式分析,其中新发突变和复合杂合突变在所有致病基因遗传模式90%以上,而游侠根据自己多年分析经验,能够将新发突变和复合杂合突变的基因数分析到10个以内(上过我们培训班的同学都知道这个技巧),方便后续临床与科研人员继续进行下一步分析。

(新发突变与隐性模式分析示例)

 

    通过以上全面的分析,我们就能够完整利用WES的数据信息,同时又能减少临床医生肉眼确认的基因数目,也欢迎大家提点意见,产前WES还需要提供哪方面的信息。最近游侠正与国内几大测序机构洽谈,希望让产前诊断中心能够用一张芯片检测的终端售价做一家三口(trio)全外显子的测序加以上全面的科研分析,助力WES产前科研上的探索。如果有需要,欢迎联系游侠微信号wei233993

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