临床感染，如何快速准确的找出病原？

你可曾因感冒咳嗽去医院，结果是拎着医⽣给开的抗⽣素药（如头孢类）和或抗病毒药（如利巴韦林）⼀起回家，WHY?因为医⽣⽆法确定你是病毒性感冒还是细菌性感冒，所以全给你开了，但事实是是药三分毒，抗⽣素的滥用会引起耐药、临床效果还不那么确定的利巴韦林的滥用不仅⽆效对身体还产⽣很多副作用。

      2011 年中国卫⽣部表示，中国患者抗⽣素的使用率达到70%，是欧美国家的2 倍，但真正需要使用的不到20%。

      WHO 2017 报告，全球每年约4000 万感染，50 万死亡，⽽中国每年约1000 万获得性感染。WHO 保守估计到2050 年全球因细菌耐药问题每年死亡⼈数将逾越100 万⼈。20-25%重症肺炎、40-50%脓毒⾎症、以及50-60%脑炎脑膜炎等等病原仍不明。

是什么原因限制了我们对病原的不明？

       在传统培养⽅法基础上发展起来的PCR 技术虽然检测灵敏度⾼、耗时短，但只能对已知设计有引物的病原进⾏检测。

       ⽽NGS（⾼通量测序技术）首次被写⼊呼吸相关指南“中国成⼈医院获得性肺炎与呼吸机相关性肺炎诊断和治疗指南（2018 年版）”，该⽅法不需培养、灵敏度⾼、准确度⾼、能对临床样品中未知的所有病原进⾏检测（新发或罕见病原体、⽣长缓慢、寄养且不典型等病原）。

下面小编给⼤家介绍⼀个案例：⾼通量测序技术帮助临床疑难病例的病原筛查

      ⽂中写到1 个14 岁男孩于2012 年8 月赴波多黎各旅游，期间曾在河⽔中游泳。2013 年4 月，该男孩由于发热和头疼⼊院，及之后的⼏个月，其反复⼊院3 次。旅⾏及⼊院时间轴如下图所示：

       三次住院期间，对脑脊液、⾎液(⾎浆/⾎清)、尿液、式⼦，各式各样的培养和PCR检测多种病原菌，检测结果皆为阴性。⽽在2013 年8 月21（病⼈住院的第42 天）采集了脑脊液和⾎清样本，短短48 小时的时间，完成了建库、测序和数据分析全部过程（如下图），鉴定出感染病原为钩端螺旋体。

       ⽂中提到采用NGS，DNA+RNA 同时测序，DNA 检测的是细菌，RNA 检测的是病毒。总测序量⼋百万条序列中，最终归到病原的仅占很少、很少的部分。细菌序列仅有589 条！！然⽽最终的病原正是细菌-钩端螺旋体！根据测序结果，优化钩端螺旋体原有PCR 检测⽅法后，病⼈的脑脊液样本PCR 结果为阳性，进⼀步证实了钩端螺旋体为病原菌。

那么，哪些临床感染适用于测序？